El Rector es la máxima autoridad ejecutiva de la universidad, ejerce la representación legal de la institución; es el responsable de la comunicación con todas las autoridades del país y con las instituciones nacionales. Entre sus  atribuciones destacan: cumplir y hacer cumplir las leyes, los reglamentos y las disposiciones emanadas del Consejo Universitario; convocar y presidir el Consejo Universitario; dirigir, coordinar y supervisar el normal desenvolvimiento de las actividades universitarias; nombrar y remover de sus cargos a los Decanos, Directores de Escuela y Coordinadores académicos; proponer al Consejo Universitario la suscripción de convenios nacionales e internacionales para su aprobación; proponer al consejo universitario el conferimiento de  títulos honorarios (Doctor Honoris Causa, Profesor honorario)  y otras distinciones, para su aprobación. Las unidades de Informática y Tecnología, Comunicación y Relaciones Interinstitucionales, son dependencias adscritas al Rectorado para el apoyo de las actividades de las distintas instancias funcionales de la Universidad.